Первое упоминание о Паутово относится к 1782 г., когда крестьяне Паутовы, Пушкаревы, Шипуновы, Кузнецовы и Стремяковы облюбовали для поселения место на берегу р. Ануя. Первых переселенцев было совсем немного – 51 человек. Называть поселение предки стали, вероятно, по фамилии одного из них. Так и появилась деревня Паутово на Алтае.
По данным «Списка населенных мест Томской губернии за 1911 г.» в селе были православная церковь, церковно-приходская школа, школа Министерства народного просвещения, маслодельный завод Сибирской Ко, артельный завод крестьян, 2 маслобойных завода, ветряная мельница, 3 мануфактурных и 5 мелочных лавок, казенный хлебозапасный магазин, волостное правление. Проживало в селе 5 245 жителей. В селе проходили еженедельно базарный день и две семидневные ярмарки.
В годы Гражданской войны в 1918 г. жители села приняли участие в восстании против белогвардейской власти, но прибывшие каратели жестоко подавили его. Участники восстания, не желавшие быть мобилизованными в колчаковскую армию, уходили на заимки, прятались или примыкали к партизанским отрядам.
В 1921 г. в селе организовали коммуну «Равенство», которая просуществовала до 1924 г.
В 1929 г. на территории Паутовского сельсовета был организован колхоз «Красная Москва», но вскоре он распался; были образованы девять колхозов.
Из Паутово на фронт в годы Великой Отечественной войны ушли более 500 человек, среди них семь женщин. 386 паутовцев погибли на полях сражений.
В 1953 г. в селе произошло укрупнение колхозов. Был создан один колхоз – им. XIX съезда партии.
С 1966 по 1970 гг. в селе построили 41 жилой дом, Дом культуры, административное здание, столовую.
В 1986 г. в селе появилась средняя школа, детский сад, амбулатория, аптека. К этому времени были построены магазины, стадион.
В начале 1990-х гг. начались преобразования. На одном из собраний колхозники приняли решение о реорганизации колхоза им. XIX съезда партии. На его базе было создано 22 крестьянских хозяйства. Для подтверждения намерений вести коллективное хозяйство организуется ассоциация крестьянских хозяйств «ЛУЧ». В последующие годы в хозяйстве происходит сокращение поголовья крупного рогатого скота, снижение продуктивности коров, сокращение урожайности, физически и морально устаревает сельхозтехника. В 2008 г. сельскохозяйственный производственный кооператив был ликвидирован.
В селе работают средняя школа, детский сад, Дом культуры, библиотека, амбулатория, почта, магазины.